Молодая Тринити старается скрыться от агентов, виляя и постоянно меняя дороги. Однако следящие за всем происходящим Баз и Сек практически сразу подмечают странности и несоответствия, которые дают понять, что, на деле, они находится просто в симуляции прошлого. Стараясь сбежать от преследователей, Багз оказывается в бывшем жилье Нео – туда ее заводит один из агентов, после чего выясняется, что это – программа, имитирующая Морфиуса. Она выводит его из плена Матрицы, чтобы тот помог найти реального Избранного…

Сан-Франциско. Томас Андерсон – известный в широких кругах гейм-дизайнер. Когда-то его культовая история игр про Матрицу принесла ему славу и огромные доходы. А сейчас его фирму выкупает крупная корпорация, делающая выпустить 4 часть.

В последнее время Андерсона все чаще мучают кошмары и странные видения. Ему все чаще кажется, что окружающий его мир – нереален. Из-за этого он ходит к психоаналитику, которые прописывает ему «синие таблетки». Они подавляют воспоминания и не дают человеку открыть глаза на реальность. Каждое утро он просыпается со стойким ощущением, что все хорошо, ведь его память стирается. Но многочисленные странности и несостыковки из раза в раз заставляют сомневаться…