С последних событий прошло 6 месяц. Нео официально стал Избранным, и теперь ему необходимо постоянно тренировать свои способности. Он летает, останавливает пули, предвидит ближайшее будущее.

Параллельно с тем последняя группа людей, живущая в подземном городке, готовится к предстоящему наступлению армии машин. Разведка передала сведения о том, что роботы роют туннели, чтобы добраться до людей, и, в лучшем случае, у последних осталось 72 часа на подготовку к столкновению…

Морфиус уверен, что Нео должен увидеться с Пифией – провидицей, заключенной внутри Матрицы. У нее он сможет выведать оставшуюся часть пророчества. Мужчина соглашается, понимая, что другого способа выжить – нет. Он переходит в ситуацию, где сталкивается с Серафом – охранником, который проверяет статус Избранного через поединок. И лишь после победы он проводит победителя дальше.

Провидица подтверждает, что она – программа, которую могут стереть в любой момент. Именно поэтому она противостоит системе. Пифия дает важное задание – добраться до Главного Компьютера, чтобы положить конец противостоянию. Для этого потребуется специализированная программа, которая способна открыть любые двери в системе. Но есть одно «но» - Ключника заточил Мировинген…