Томас Андерсон – успешный программист в крупной организации, ведущий двойную жизнь. Ночью он – Нео – талантливый хакер, способный проникнуть в самые потаенные углы компьютерных сетей. Его жизнь течет своей чередой, как вдруг на компьютер приходит странное сообщение – «Ты увяз в матрице», а следом приходит второе, еще более странное послание – «Следи за белым кроликом»…

В скором времени к Нео обращаются заказчики. Он подмечает на спине девушки татуировку белого кролика, и следует за ней в ночной клуб. В нем он знакомится с Тринити, которая обещает поведать парню о тайнах Матрицы. Но перед этим ему нужно будет встретиться с Морфиусом – лидером повстанцев, за которым охотятся власти. Его уже давно признали опаснейшим террористом, а потому на его поиски брошено немало усилий…

На следующее утро после столь странной встречи в офис Томаса пронимают агенты, арестовывают его и вживляют жучок. Через какое-то время парня находит Морфиус, извлекает жучка и предлагаем ему на выбор 2 таблетки – синюю и красную. Первая вернет его к обычной жизни – он проснется в своей комнате и будет думать, что все произошедшее – страшный сон. Вторая – откроет правду. Привычные иллюзии спадут, и его реальность больше не станет прежней…