Нео и Бэйн находится вне своего рассудка. Сознание Нео заперто в месте, расположенном между Матрицей и миром машин. Она находится под контролем Проводника, работа которого контролируется Меровингену.

Морфиус и Тринити бросают все силы, чтобы спасти Избранного. Они посещают клуб Меровингена. Посредством угроз и принуждений, они заставляют того освободить Нео. После высвобождения он встречается с Пифией, которая рассказывает, что агент Смит стал его антиподом. Когда герой покидает провидицу, к ней заявляются репликанты Смита. Один из них преобразует ее в своего клона, чтобы узнать, какое же будущее она видела.

В это время восставшие машину пробираются к Зиону – последнему клочку человеческой жизни. Начинается жестокая битва. Ниобе на корабле «Логос» старается выбраться через технические пути, однако в процессе задевает трубу, чем привлекает внимание множества Охотников.

Избранный, узнав о происходящем, принимает решение отправиться в Город 01, чтобы завершить свою миссию. Чтобы добраться до места назначения, он объединяется с Тринити. А в это время Бэйн, как оказалось, находится на том же корабле. Он убивает медика Мэгги, чтобы скрыть следы своего пребывания, а после берет в заложники Тринити…