Прошли годы, и Майкл Корлеоне больше не тот жёсткий правитель теневой империи. Теперь он пожилой человек, измученный грузом прошлых решений и искренне желающий отмыть фамилию от криминального прошлого. Пожертвовав крупную сумму католической церкви, он рассчитывает получить взамен долю в крупнейшем европейском холдинге и наконец выйти из теневого мира. Однако окружение не позволяет ему сделать чистый шаг вперед. Деловые переговоры с Ватиканом оборачиваются клубком коррупции, где финансовые интересы церковных чиновников переплетаются с давними криминальными связями. В это же время племянник Винсент, горячий и непредсказуемый незаконнорождённый сын Сонни, рвётся занять своё место в семейной иерархии. Босс видит в нём одновременно угрозу и опору, постепенно вводя молодого человека в круг доверенных лиц. Усложняет положение дел роман Винсента с дочерью Майкла, Мэри, которую отец бережёт от любых соприкосновений с тёмной стороной семейных дел. На фоне этих личных драм организуется заговор против Корлеоне, а старые враги используют момент слабости патриарха, чтобы нанести последний удар. Торжественная опера в Палермо становится финальной сценой, где пересекаются интриги Ватикана, ярость Винсента и отчаянная попытка главного героя защитить тех, кого он любит.