Элис возвращается в Вашингтон после предательства Вескера. От группы повстанцев практически ничего не осталось. Теперь ей приходится действовать в одиночку, пробираясь через разрушенный город. В заброшенном здании Элис неожиданно получает сообщение от Красной королевы. Искусственный интеллект сообщает, что у человечества ещё есть шанс остановить Т-вирус. В Улье, подземном комплексе «Амбреллы» в Раккун-Сити, находится воздушный антивирус. Если выпустить его наружу, вирус больше не сможет распространяться и заражать людей. Но времени почти не осталось. «Амбрелла» собирается нанести последний удар по поселениям, поэтому она должна добраться до цели за сорок восемь часов. Раккун-Сити теперь представляет собой огромные руины, а путь к Улью перекрывают заражённые и бойцы «Амбреллы». За операцией следит доктор Александр Айзекс. Он ведёт вооружённый отряд, вслед за ним движутся толпы мертвецов. Элис оказывается среди небольшой группы выживших, которыми руководит Клэр Редфилд. У них есть укреплённое убежище, но оставаться там долго не получится. Она рассказывает подруге об антивирусе и предлагает отправиться вместе. Другого пути остановить происходящее нет.