Где-то под Раккун-Сити скрыт «Муравейник» – огромная подземная лаборатория корпорации Umbrella. В её стенах учёные проводят эксперименты с Т-вирусом. Однажды он вырывается из-под контроля. Искусственный интеллект Красная королева запирает помещения и перекрывает все пути наружу. Люди, оставшиеся внутри, оказываются отрезаны от внешнего мира, а сама система начинает действовать против них. В это время Элис открывает глаза в ванной комнате огромного особняка. Дом пуст, а о собственной жизни она ничего не помнит. Даже имя ускользает и только крутится намёком на языке. Вскоре прибывает вооружённый отряд. Элис впервые сталкивается с полицейским Мэттом Эддисоном. Вместе они узнают о существовании тайного объекта под городом и отправляются туда. Позже они находят в тоннеле ещё одного человека – Спенса, тоже страдающего амнезией. Командир объясняет, что особняк связан с «Муравейником», и обозначает, что загадочным образом потерявшие память должны были охранять секретный вход. Отряд рассчитывает отключить ИИ и выяснить, почему комплекс оказался запечатан.