ФБР формирует подразделение, куда ссылают дела, не вписывающиеся в уголовную классику. Это похищения без следов, внезапные мутации, истории свидетелей НЛО. Куратор отдела, агент Малдер, убеждён, что за разрозненными феноменами тянется единая цепочка. В его собственном досье значится таинственное исчезновение сестры, и поиски объяснения превратились для него в личную одержимость. Для контроля к Малдеру назначают судебного медика Скалли. Она проводит вскрытия, сверяется с учебниками и пытается доказать, что любая аномалия рано или поздно подчиняется законам биологии или психиатрии. Каждое новое задание ставит пару между наукой и неопределённостью: в горах Нью-Мексико находят самолёт, которого нет в реестрах; в айдахском лесничестве следы хищника ведут к офисному клерку; на Алтае всплывает древний вирус, реагирующий лишь на внеземной белок. Чем глубже агенты уходят в сеть закрытых лабораторий и секретных бюджетов, тем явственнее вырисовывается проект, где правительственные структуры прячут сотрудничество с пришельцами, а доказательства уничтожают быстрее, чем их можно задокументировать. На плечи дуэта ложится выбор: сохранить лояльность системе или вытащить правду наружу, рискуя карьерой и жизнью.